Cheminės peptidų sintezės metodai apima tirpalo -fazės peptidų sintezę ir kietosios -fazės peptidų sintezę. Tirpalo-fazės peptidų sintezė apima aminorūgščių sujungimą tirpale; paprastai jis eina C-galo link N-galo kryptimi ir yra tinkamas trumpų peptidų (pvz., turinčių mažiau nei 10 aminorūgščių) sintezei. Dažniausiai naudojamos apsaugos strategijos apima BOC (tret-butiloksikarbonilo) ir Z (benziloksikarbonilo) metodus. Šis metodas suteikia pranašumų, pvz., mažesnę kainą ir lengvą mastelį,{12}}tačiau tam reikia išvalyti tarpinius produktus. Pirminiai naudojami jungiamieji reagentai yra karbodiimido tipo (pvz., DCC); tačiau tai gali sukelti šalutinių racemizacijos reakcijų, kurias galima slopinti pridedant priedų, tokių kaip HOBt.
Pagrindinis kietosios -fazės peptidų sintezės principas apima peptidinės grandinės C-galinės aminorūgšties imobilizavimą ant kieto pagrindo (pvz., dervos). Tada peptidinė grandinė palaipsniui pailginama per keletą pasikartojančių žingsnių, apimančių apsaugos pašalinimą, aktyvavimą ir sujungimą; sintezės kryptis paprastai eina nuo C-galo iki N-galo. Pagrindinės taikomos apsaugos strategijos yra BOC (tret Dažniausiai naudojami jungiamieji reagentai apima ir karbodiimido{15}}tipo reagentus (pvz., DCC), ir onio druskas (pvz., HBTU). Po sintezės peptidas turi būti suskaldytas,{16}}paprastai naudojant reagentus, tokius kaip TFA arba HF, kad jis būtų išplautas iš dervos pagrindo.
Peptidų sintezės metodo pasirinkimas priklauso nuo peptidų grandinės ilgio ir specifinių jos sekos ypatybių: kietosios-fazės sintezė pasižymi dideliu efektyvumu ir yra lengvai pritaikoma automatizavimui, todėl jis puikiai tinka vidutinio-ilgio peptidų (pvz., apytiksliai 30 aminorūgščių) sintezei; ir atvirkščiai, tirpalo -fazės sintezė geriau tinka trumpiems peptidams gaminti. „Sudėtingiems“ peptidams -, pvz., sekoms, linkusioms agreguotis, arba toms, kuriose yra specializuotų aminorūgščių{9}}, gali būti taikomos alternatyvios strategijos, pvz., pseudoprolino metodas arba *orto*-hidroksibenzilo{11}} tipo apsaugos metodai.